:) Больной вопрос. Есть правила практической транскрипции, простые и чёткие, но при переводе с английского нетривиальные. И есть игнорирование этих правил, приводящее к разнобою в русских написаниях, а иногда и зафиксированное традицией (названия Токио, Киото, Йокогама, Тойота, Хитачи (фирма) при правильных (по правилам) Токё, Кёто, Ёкохама, Тоёта, Хитати (и фирма, и провинция)).
 
1. В русской транслитерации японских слов нет "ш". Во всех соответствующих местах используется "с" мягкое. Shi=си, sha=ся, sho=сё, shu=сю. То же и с "ч" — оно заменяется на мягкое "т": chi=ти, cha=тя, cho=тё, chu=тю. На всякий случай: ts заменяется на "ц", а не на "тс".
 
---1. на вкус и цвет товарища нет. Ведь существует же 2 системы чтения и произношения таких слогов(shi, sha, etc.) ;)
 
2. В русской транслитерации японских слов нет буквы "е", кроме написаний, ассимилированных русским языком ("карате") — везде правильно "э". Чаще всего в русском тексте "е" — это потерявшее точки "ё", которое по-английски записывается "yo" (и "o" после "sh", "ch").
 
3. См. 1.
 
4. Очень спорный вопрос. Японисты предпочитают такие имена не склонять, а вот филологи-русисты настаивают, что японское имя, попав в русский текст, начинает подчиняться правилам русского склонения. Главное — придерживаться одонго подхода на протяжении всего текста :)
 
5. Английское "w" — это русское "в".
 
6. Правильно "ё", но некоторые написания с "йо" закреплены традицией. Кроме того, так слову легче пройти неискажённым через корректоров, вымарывающих "ё" из неспециализированного текста.

О каких это двух системах речь?

Я так понимаю, что речь идет о японистах, которые учились в Университетах и школах здесь  :) :) :)и о тех, кто проживает в Японии и учит язык на базе америко-английского "прочтения" японского языка... ;D ;D ;D ;D ;D